Những hạn chế về mặt kỹ thuật: Hợp nhất giữa Internet và phần mềm TMĐT với các ứng dụng và dữ liệu đã có sẵn là một điều khó khăn. Người bán cần sự phát triển một máy chủ đặc biệt, máy dịch vụ tập tin, và những thành phần khách. Một vài phần mềm TMĐT có thể không thích hợp với phần cứng, họăc nó có thể trở nên không hợp với hệ điều hành hiện tại họăc thiết bị hiện tại.
Những hạn chế không phải về mặt kỹ thuật: Chi phí để phát triển TMĐT trong công ty có thể rất cao và có thể gây ra lỗi do việcthiếu hiểu biết, dẫn đến việc trì hõan công việc. Hơn nữa, để chứng minh cho hệ thống, phải chỉ ra được những lợi nhuận không thể nhìn thấy được và rất khó xác định được số lượng (chẳng hạn như việc phát triển dịch vụ phục vụ khách hàng và giá trị của sự quảng cáo).
Bảo mật và sự riêng tư là rất quan trọng trong mô hình doanh nghiệp đến người tiêu dùng (B2C), đặc biệt là các vấn đề về bảo mật là rất nghiêm trọng. Giới hạn của vịêc bảo vệ sự riêng tư đang phát triển.Đối với khách hàng, những vấn đề này rất quan trọng. Ngành công nghiệp TMĐT có một nhiệm vụ lâu dài và khó khăn trong việc thuyết phục khách hàng rằng những giao dịch và thông tin cá nhân trên mạng rất bảo mật.
Trong vài trường hợp, khách hàng không tin tưởng vào người bán hàng mà mình không quen biết và không biết mặt, và những vụ giao dịch không có giấy tờ, tiền điện tử. Bởi vì những điều đó, việc thuyết phục khách hàng chuyển từ giao dịch vật lý thông thường sang giao dịch điện tử là rất khó khăn.
Một vài khách hàng thì thích tiếp xúc với mặt hàng mình sẽ mua, chẳng hạn như quần áo để mà họ biết được chính xác mặt hàng họ mua sẽ như thế nào. Có những vấn đề thuộc về luật pháp vẫn còn chưa được giải quyết, và trong nhiều nền tài chính của chính phủ, mối quan hệ và trình độ không đủ để cải tiến được tính phức tạp của TMĐT. Cũng như là một ngành học, TMĐT vẫn còn tiến triển và thay đổi một cách nhanh chóng. Nhiều người đang tìm kiếm một TMĐT ổn định trước khi họ tham gia vào TMĐT. TMĐT không có đủ các dịch vụ hỗ trợ. Ở một số nơi, không có đủ điều kiện then chốt của TMĐT để đạt được sự thành công. Trong hầu hết các ứng dụng, không có đủ người bán và người mua để thu lợi nhuận từ các tiến trình TMĐT. Một vài điều đáng lo ngại là TMĐT phát huy được công dụng của việc giao tiếp trực tiếp, có thể có một thất bại trong mối quan hệ của họ. Việc truy cập internet vẫn còn đắt và tiềm năng khách hàng còn hạn chế.
