Theo Điều lệ tổ chức và hoạt động của Công ty cổ phần kinh doanh thiết bị công nghiệp được Đại hội cổ đông lần thứ nhất thông qua ngày 24/12/2003, Bộ máy quản trị của Công ty cổ phần kinh doanh thiết bị công nghiệp gồm :
Hội đồng quản trị là cơ quan quản lý cao nhất của Công ty , có toàn quyền nhân danh Công ty để quyết định mọi vấn đề liên quan đến mục đích , quyền lợi của Công ty trừ những vấn đề thuộc thẩm quyền của đại hội đồng cổ đông. HĐQT quyết định kế hoạch sản xuất kinh doanh hàng năm và chiến lược phát triển của Công ty và những vấn đề theo thẩm quyền được quy định trong Điều lệ.
Bộ máy lãnh đạo Công ty gồm Tổng giám đốc và các phó Tổng giám đốc giúp việc. Tổng giám đốc là người trực tiếp điều hành mọi hoạt động sản xuất kinh doanh của toàn Công ty.
Công ty cổ phần kinh doanh thiết bị công nghiệp có trụ sở chính tại Hà nội và 3 đơn vị thành viên là : Chi nhánh TP.Hồ Chí Minh , Nhà máy Quy chế II, Nhà máy Quy chế III.
Nhìn chung , mô hình tổ chức của Nhà máy Quy chế II là mô hình tổ chức truyền thống được áp dụng rộng rãi ở các doanh nghiệp nước ta hiện nay là mô hình tổ chức quản lý theo mục tiêu ( by obiect ). Về cơ bản , mô hình trên đã đáp ứng được yêu cầu gọn nhẹ, hiệu quả phù hợp với điều kiện thực tế sản xuất kinh doanh của Nhà máy . Với việc quy định trách nhiệm và quyền hạn cụ thể cho mỗi bộ phận chức năng tạo điều kiện chủ động cho các đơn vị thực hiện kế hoạch sản xuất được Nhà máy giao.
Tuy nhiên trong điều kiện nền kinh tế thị trường luôn biến động, kế hoạch sản xuất của các đơn vị luôn cần phải thay đổi linh hoạt để đáp ứng một cách tốt nhất nhu cầu của thị trường và để đạt hiệu quả sản xuất kinh doanh cao nhất. Mô hình tổ chức truyền thống quản lý theo mục tiêu nói chung và của Nhà máy nói riêng chỉ thích hợp trong điều kiện tổ chức sản xuất ngắn hạn, cho phép điều chỉnh cân đối theo bộ phận, còn việc thực hiện cân đối theo quá trình , đặc biệt là việc thực hiện chiến lược sản xuất kinh doanh để đạt được lợi nhuận ròng trong dài hạn thì có khó khăn cần phải quán triệt, tuyên truyền, giải thích tới các cán bộ thừa hành.